Sejarah MAN 2 Cilacap

Asal usul MAN 2 Cilacap bermula dari MAN Cilacap Filial di Cigaru. Berdirinya MAN Cilacap filial di Cigaru ini diawali dengan bergabungnya 3 (tiga) pesantren, yaitu (1) pesantren Pembangunan Cigaru I ( sebagai Pesantren Induk ) yang di asuh oleh KH. Mohammad Jarir Sufyan dan Ky. Mukhlis S. (2) Pesantren Cigaru II yang di asuh oleh KM. Munawwir dan KM Muslih dan (3) pesantren Nyarka yang pada waktu itu diasuh oleh KM. Bahrudin.

Ketiga Pesantren tersebut bergabung di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam ( YPI ) KH. Sufyan Tsauri yang diresmikan oleh Bupati Cilacap RYK. Mukmin pada tanggal 02 Februari 1976.

Pesantren ini mempunyai kurikulum sendiri dengan berorientasi kepada kedalaman ilmu dan keterampilan, bukan untuk memperoleh ijazah. Inspirasi ini timbul setelah mengadakan studi banding ke Pesantren Pertanian (Darul Bogor) di Ciampea Bogor, yang mayoritas tenaga pengajarnya adalah dosen IPB Bogor, di samping seorang Kyai sebagai pengasuh dan staf Direktorium dengan seorang Direktur Ir. Saleh Widodo. Studi banding tersebut diadakan tanggal 16 Nopember 1975.

Awal perjalanan pesantren Pembangunan ini lancar, para santri diharapkan selain bisa menguasai pelajaran sebagaimana lazimnya di pesantren juga memiliki nilai tambah keterampilan sebagai bekal hidup tanpa harus mengandalkan ijazah. Kelancaran perjalanan tersebut terus berlanjut sampai awal tahu ke-3, yaitu saat para siswa mengadakan praktek kerja lapangan ( PKL ) di samping ikut mengisi pengajian di desa-desa. Baru pada akhir tahun ke-3 yang mestinya tinggal setahun lagi para santri akan dilepas ke masyarakat (muqim) mereka menuntut agar di samping di bekali ilmu dan keterampilan, untuk terjun kemasyarakat kelak juga dibekali tanda bukti formal yaitu ijazah, sehingga perlu diadakan ujian setingkat SMTA. Untuk memenuhi tuntutan para santri tersebut, maka dicarikan jalan keluar yaitu mencari sekolah yang dapat mengeluarkan ijazah setingkat SMTA yaitu MAAIN ( Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri ) Kalibeber Wonosobo sebagai Madrasah Aliyah tempat menginduk dan sekaligus meminjam buku-buku pegangan guru. Memasuki tahun pelajaran 1978 Pesantren Pembangunan di ubah menjadi Madrasah Aliyah Pesantren Pembangunan YPI KH. Sufyan Tsauri.